根据动物分类系统，寄生虫属于动物界（Kingdom animal）中原生动物亚界的3个门，即肉足鞭毛门（Phylum
Sarcomastigophora）、顶复门（Phylum Apicomplexa）和纤毛门（Phlum
Ciliophora），以及无脊椎动物的4个门类，包括扁形动物门（Phylum
Platyhelmonthes）、线形动物门（Phylum Nemathelminthes）、棘头动物门（Phylum
Acanthocephala）和节肢动物门（Phylum Arthopoda）。在医学上，一般将原生动物称为原虫，将扁形动物和线形动物统称为蠕虫，棘头动物门中的棘头虫原认为属于线虫中的一类，但因其形态与线虫有明显不同，故自成一类。与医学有关的节肢动物，习惯上也将之称为医学昆虫，是指身体具有外骨骼、分节，有成对附肢的一类动物。动物的分类系统反应了存在于自然界中各类动物由低级到高级进化过程中的亲缘关系。了解寄生虫分类系统的目的是为了从不同侧面了解寄生虫本身。
寄生虫的命名遵循动物命名的二名制(binomial
system)原则，即学名（scientific
name）由属名和种名组成，采用拉丁文或拉丁化的文字表示，属名（genus
name）在前，种名（species）在后，如有亚种名，则放在种名之后。种名和亚种名之后是命名者的姓和命名的年份。例如，日本血吸虫的拉丁名为Schistosoma
japonicum Katsurada，1904，表明该名是由Katsurada于1904年命名的。
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